Il n'y a pas que Firefox qui choisit la taille de ses fontes en fonction du système, il y a aussi zinf. En fait, dans l'absolu, tout ce qui utilise le système de fontes de gtk2 est susceptible de montrer le problème.

Mon écran fait 304x228mm pour 1400x1050 pixels de résolution, ce qui conduit à 116x116dpi, ce qui est déduit par moi à la main, et par le serveur X. Donc le problème se situe peut-être au niveau de fontconfig, qui oublierait en activant certains algorithmes de rendu (sub-pixel rendering, pour les LCD), de conserver la taille des fontes ? Quoiqu'il en soit, j'ai forcé une fausse taille d'écran dans XF86Config-4, en mettant "DisplaySize 370 277" dans la section "Monitor", ce qui est censé résulter en une résolution de 96x96dpi. Résultat des courses, les fontes sont à la bonne taille. Si ça peut aider quelqu'un d'autre que moi, c'est tant mieux.